批准上市的转基因大豆以及大豆油等加工品经过了严格科学的安全评价，和非转基因大豆油同样安全。大豆油是仅次于棕榈油的世界第二大食用植物油，被各国认可并食用，其中绝大多数都是转基因大豆制作。转基因大豆油之所以在国内比较“敏感”，是因为中国对其进行了更严格的转基因标识。
国际上，转基因标识范围的确定，大体上分为产品关注型和过程关注型。产品关注型关心的是最终产品中是否含有转基因成分，而精炼的转基因大豆油不含转基因成分，不需要标识。中国和欧盟则采取了更严格的过程关注型标识制度，只要使用了转基因大豆作为原材料，无论大豆油中是否含有转基因成分都需要标识。
转基因大豆油的消费者涵盖各种人群，包括美国、欧盟和日本，食用历史已长达20多年，安全性有充足的保障。
据统计，2021年，我国进口大豆9651.8万吨，绝大部分是转基因大豆；欧盟进口转基因大豆超过1300万吨，占其大豆总消费量的80％以上；美国国内消费的转基因大豆超过6000万吨。